Ditingkat Fakultas dan Program Studi telah dilakukan pengelolaan yang terintegrasi dengan baik yang dapat menjadi gambaran bahwa sistem pengelolaan program studi telah dilaksanakan dengan baik. Penjaminan mutu Program Studi di Fakultas MIPA UNS berjalan dengan baik. Hal ini dibuktikan dengan telah dimilikinya peringkat akreditasi dari BAN PT, LAMSAMA, LAM PT Kes, Akreditasi Internasional ASIIN maupun Sertifikasi AUN QA.