Universitas Sebelas Maret (UNS) telah menerapkan Sistem Penjaminan Mutu mengacu pada Peraturan Menristekdikti No 62 tahun 2016 tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi. UNS melalui Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu Pendidikan (LPPMP) telah membuat peraturan sistem penjaminan mutu internal (SPMI) dengan alamat web di http://lppmp.uns.ac.id. Sistem penjaminan mutu internal Perguruan Tinggi (SPMI PT) membangun sistem mutu melalui organ penjaminan mutu di masing-masing tingkatan, yaitu : Tim Jaminan Mutu di tingkat universitas dibawah LPPMP, Unit Penjaminan Mutu (UPM) di tingkat fakultas, dan Gugus Kendali Mutu (GKM) di tingkat program studi.
Standar Manajemen Mutu merujuk pada dokumen: Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) UNS (indikator standar), Peraturan Rektor UNS Nomor: 582/UN27/HK/2016 tentang Penyelenggaraan dan Pengelolaan Pendidikan Program Sarjana. Dokumen-dokumen Penjaminan Mutu yang dimiliki di tingkat fakultas meliputi Dokumen Kebijakan, Dokumen Manual Mutu, Dokumen Standar Mutu dan Dokumen Formulir. Dokumen Kebijakan mutu dapat diunduh di https://spmi.uns.ac.id/
Adapun Proses penjaminan mutu FMIPA dapat dijelaskan sebagai berikut:
- Proses penjaminan mutu Fakultas menganut Proses PPEPP ( Perencanaan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian dan Perbaikan)
- Tahap P perencanaan : bukti renstra Fakultas dan program kerja di tiap Prodi
- Tahap P pelaksanaan : pelaksanaan kegiatan Tri dharma Perguruan Tinggi dapat dijabarkan sebagai berikut :
- Proses Belajar Mengajar : Dosen dalam melaksanakan sistem pembelajaran dan evaluasi, diwajibkan menginput perencanaan perkuliahan setiap awal semester dan portofolio evaluasi pembelajaran di sistem uns.ac.id, presensi pelaksanaan dan bukti perkuliahan di dipantau melalui sistem ocw.uns.ac.id. Sedangkan untuk Sistem pembelajaran secara daring di akomodir melalui spada.usc.ac.id.
- Penelitan dan pengabdian pada masyarakat : semua bukti dan rekam jejak penelitian dan pengabdian yang dilakukan oleh dosen dikelola oleh LPPMP UNS dapat di lihat dalam http://iris.unc.ac.id
- Kinerja dosen dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi dinilai melalui sistem yang terintegrasi yakni http://remunerai.uns.ac.id
- Tahap E evaluasi : Fakultas selama ini telah melakukan audit internal untuk seluruh kegiatan Tri Dharma secara periodik terhadap seluruh prodi   yakni setahun 2 kali dalam kegiatan AMI level 1 (level Fakultas) , dengan mekanisme pengaturan dan jadwal Audit yang dtentukan oleh UPM Fakultas. Adapun AMI level 2 (level universitas) dilakukan sesuai jadwal yang telah ditentukan oleh LPPMP Universitas. Hasil audit level 1 berupa temuan untuk semua Prodi di sampaikan dan dievaluasi dalam Rapat Tinjauan Manajemen (RTM) di tingkat Fakultas. Sedangkan bukti hasil audit (temuan) seluruh Prodi disimpan dalam database UPM (yl://dataupmipa) yang bisa diakses oleh seluruh Prodi .
- Tahap P pengendalian : Dari hasil evaluasi dalam RTM kemudian ditindak lanjuti sebagai komitmen terhadap pelakasanaan Program Jaminan Mutu (PPEPP), yang selanjutnya dilakukan oleh masing-masing prodi dan data tindak lanjut di simpan oleh UPPS dalam satu data base UPM (https://bit.ly://dataupmipa)
- Tahap P peningkatan : Hasil evaluasi maupun hasil audit menjadi salah satu acuan bagi prodi untuk menentukan langkah perbaikan lewat RTM selanjutnya. Garis besar evaluasi program memudahkan program studi untuk melihat kinerja program, mengidentifikasi kekuatan yang dapat dimanfaatkan, dan menganalisis kekurangan yang harus diminimalisir. Hasil evaluasi program digunakan sebagai bahan masukan dalam penyusunan program periode berikutnya, baik untuk program akademik, administrasi, maupun pendanaan. Dengan demikian, pengembangan kelembagaan diharapkan terus terjadi (PPEPP).
