Dalam praktik penyelenggaraan pendidikan, Fakultas MIPA Universitas Sebelas Maret sebagai sebuah organisasi pendidikan tinggi yang bermutu, memiliki kelebihan dan kekurangan. Oleh karena itu, dalam peningkatan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi penjajakan kerja sama perlu dilakukan. Saling berbagi kekuatan, baik itu sumber daya manusia, sistem pendidikan, dan lain-lain. Saling berbagi untuk kemajuan pendidikan tinggi.

Kerja sama yang dilakukan perguruan tinggi penting dilaksanakan untuk menyiapkan mahasiswa yang siap pakai. Lulusan yang memiliki kompetensi dan memiliki kualifikasi sesuai dengan kebutuhan industri. Untuk itu, perguruan tinggi perlu membuat perencanaan kerja sama yang sesuai dengan profil program studi. Tujuannya adalah untuk meningkatkan kinerja dan mutu perguruan tinggi. Selain itu, kerja sama juga menguntungkan perguruan tinggi dalam hal promosi, reputasi, kepercayaan, networking, kontribusi bagi masyarakat dan industri serta menimbulkan kepercayaan diri mahasiswa.

Dalam rangka meningkatkan kuantitas dan kualitas kerjasama dalam bidang ilmu dasar dan terapan dengan lembaga pemerintah, dunia usaha dan dunia industri nasional maupun internasional, Fakultas MIPA UNS telah menjalin hubungan kerjasama mutualisme dengan mengutamakan prinsip kesetaraan, saling menghormati, dan saling menguntungkan, mempertimbangkan keberagaman budaya, mengutamakan kepentingan nasional dan kontribusi pada peningkatan daya saing bangsa, berbasis indikator kinerja, efektif, dan efisien.